Die Katharer strebten danach, den in ihrem Körper eingeschlossenen göttlichen Funken zu befreien. Sie legten die Bibel auf eigene Art und Weise aus, und standen in grossem Widerspruch zum christlichen Glauben. Sie zweifelten beispielsweise die Göttlichkeit von Jesus Christus an - er hatte für sie nur eine Vorbildfunktion. Der Hauptinhalt ihres Glaubens war die Trennung von Gut und Bös. Dem guten Gott, welcher über die geistige Welt des Lichts und der Schönheit regierte, stand die teuflisch beherrschte materielle Welt gegenüber. Entsprechend ihres Glaubens sind die Menschen durch eine List des Bösen in der Macht der Materie gefangen worden.

Einer der Gründe, warum sich die Katharer um Geheimhaltung bemühten, war ihre Lehre von den zwei Christuswesen. Da war der eine, der im heiligen Land lebte und gekreuzigt wurde. Dieser irdische Christus wurde keineswegs nur positiv gesehen. Nach Katharer-Überzeugung war er sündig geworden, weil er mit Maria Magdalena in wilder Ehe lebte und mehrere Kinder zeugte... Aus diesem Grund wurde er gekreuzigt. Der andere Christus durfte aber nicht mit seinem irdischen Pendant verwechselt werden. Er war eine Art Geistwesen ohne fleischliche Bedürfnisse, benötigte weder Speise noch Trank. Er kam in einer unsichtbaren Form zur Welt, wo er ebenfalls gekreuzigt wurde.

Gleichzeitig gab es eine weitere Lehrmeinung, die von der ersten abwich. Demnach hatte Gott zwei Söhnen: Christus und Satan. Beide wurden gekreuzigt: Christus auf Erden, Satan im Himmel. Der irdische Christus wurde als gefallene Seele bezeichnet. Er gleiche jedem Sünder irdischer Herkunft, wurde gelehrt.

Alle Menschen waren "gefallene Seelen", hatten aber die Möglichkeit, geheimen Riten zu folgen und durch wiederholtes Leben, Sterben und Wiedergeburt den Status eines "Vollendeten" zu erreichen. Jene Menschen, es sollen im zwölften Jahrhundert deren fünfzehn gewesen sein, waren dazu auserkoren, die Katharer als Führungspersönlichkeiten zu leiten.
Das Leben der Reinen hätte wohl auch vom Klerus akzeptiert werden müssen, war es doch keusch und ohne Prunk. Freilich hatten sich die kirchlichen Oberen häufig zu fast weltlichen Fürsten entwickelt, die angenehmen Seiten des Lebens schätzten und oft verschwenderisch lebten. Jener Prunk aber war in den Augen der Katharer verwerflich und schädlich. Sie erachteten dies als "Fäulnis der Seele".

Es gab keine einheitliche kirchliche Front gegen die Katharer. Sie fanden selbst in den Reihen hochangesehener Bischöfe verschiedener Städte Unterstützung. Das ging sogar so weit, dass sich hohe geistliche Würdenträger immer wieder für den Geheimbund einsetzten und aktiv eine Verfolgung verhinderten.

Die Überzeugungen, Lebensregeln und Riten der Katharer waren der katholischen Mentalität jedoch zutiefst zuwider. Die Ablehnung der traditionellen Sakramente Taufe und Ehe sowie recht freie Sitten und Einstellungen (insbesondere zu Geld und Handel) führten zu heftigen Auseinandersetzungen mit der katholischen Geistlichkeit und war dieser ein Dorn im Auge. Die aus der Sicht der katholischen Kirche sog. "Häresie" konnte sich zunächst in den Städten, den kulturellen und wirtschaftlichen Zentren des Landes, ausbreiten. Dann fasste sie auch auf dem Lande Fuss und grosse Fürsten, wie Roger Trencavel, der Vicomte von Béziers und Carcassonne, und Graf Raymond Roger von Foix, beschützten die Katharer. Die Angst der Katharer vor der Verfolgung war gross. Mancher Parfait befürchtete, sein einmal abgelegtes Gelübde nicht einhalten zu können.
Er zog es dann vor seinem Leben ein Ende zu bereiten. Diese bewusst herbeigeführte Selbsttötung wurde als "Endura" bezeichnet. Man zog sich in eine abgeschiedene Region zurück und nahm keinerlei Nahrung mehr zu sich und verhungerte somit.

Im Jahre 1150 zog Bernhard von Clairvaux in das Gebiet bei Albi, um die Katharer zu bekehren. Angesichts seiner geringen Erfolge wurde 1179 auf dem 3. Laterankonzil entschieden, weltliche Mittel einzusetzen. Ab 1204 sandte Papst Innozenz III. drei Legaten aus, die gegen die Katharer predigten und den Grafen von Toulouse, Raymond VI., überzeugen sollten, auf die Unterstützung dieser zu verzichten. Dieser weigerte sich jedoch und wurde deshalb exkommuniziert. 1208 wurde einer der drei päpstlichen Legaten ermordet, und sogleich wurde Raymond VI. des Mordes angeklagt.
Dieser Vorfall war Auslöser für den 1. Kreuzzug gegen die Katharer, zu dem Papst Innozenz im März 1208 aufrief. Unter der Führung des Priesters Arnaud-Amaury de Citeaux und später unter Simon de Montfort vereinigten sich die Ritter der Ile-de-France, der Normandie, der Picardie, aus Flandern, der Champagne und dem Burgund sowie rheinische, friesische, bayerische und sogar österreichische Adlige. Der "heilige Krieg" sollte mehr als 20 Jahre dauern. 1209 gab es in Béziers ein Blutbad mit 30 000 Toten. Im August 1209 wurde Carcassonne belagert, Wassermangel zwang die Eingeschlossenen zu Aufgabe.

Der Vicomte Raymond-Roger de Trencavel wurde gefangen genommen. Simon de Montfort trat an seine Stelle. Dieser setzte den Kreuzzug fort, und die Hochburgen der Katharer wurden der Reihe nach erobert: Lastours, Minerve, Termes und Puivert.
1215 wurde der Graf von Toulouse von Simon de Montfort gefangen genommen. Dessen Sohn, Raymond VII., rächte seinen Vater, indem er einen 8 Jahre andauernden Befreiungskrieg organisierte. Nach dem Tode von Simon de Monfort führte sein Sohn Amaury den Krieg weiter.
Auch nach dem Fall der Festungen waren die Katharer noch nicht besiegt. 1226 wurde der 2. Kreuzzug begonnen, der vom König von Frankreich persönlich, von Ludwig VIII., angeführt wurde. Dieser "heilige Krieg" verwandelte sich jedoch alsbald in einen politischen Krieg. Tatsächlich gelang es der Gattin Ludwigs, Blanca von Kastilien, durch einen Friedensvertrag ein bedeutendes Territorium an das Königreich anzuschliessen (das Gebiet des späteren Languedoc). Aber auch damit war jedoch der Kampf gegen die Häresie noch nicht beendet; die Inquisition nahm nun die Sache in die Hand.
Der Dominikanerorden wurde von Papst Gregor IX. mit dieser Aufgabe betraut. An der Seite der Dominikaner eroberten die Kreuzritter im Jahre 1240 die Burg Peyrepertuse.

1242 unternahm Pierre-Roger de Mirepoix, Herr der Festung Montségur, welche die Hochburg der katharischen Lehre war, einen Feldzug nach Avignonet, um die Mitglieder eines Inquisitionstribunals zu töten. Gleichzeitig liessen sich ca. 6000 Kreuzritter am Fusse der Burg Montségur nieder.

Montségur, in der Region des Languedoc im Süden Frankreichs, nahe bei den Pyrenäen gelegen, thront auf einem wahrhaft imposanten Fels und wirkt wie ein zu Stein gewordenes Adlernest. Der Zahn der Zeit hat im Verlauf der Jahrhunderte an dem mysteriösen Bau genagt und doch versteht man auch heute noch, warum er Montségur genannt wurde.  Der Begriff leitet sich von "Mont Sur" ab: sicherer Berg. Und die Katharer fühlten sich in ihrer Festung sehr sicher. Hier meinten sie, seien sie unerreichbar für die Inquisition. Hier hielten sie die wichtigen Rituale ihres Geheimordens ab, die niemals Uneingeweihten anvertraut wurden. Sie sind uns daher unbekannt geblieben (die Katharer haben das Geheimnis lachend und singend mit sich auf die Scheiterhaufen genommen). Man weiss heute, dass es in Montségur ein "Sonnenzimmer" gab. Wie mögen die Zeremonien ausgesehen haben, die in jenem Raum feierlich begangen wurden?

Im Jahre 1244 umzingelte eine ganze Armee den Berg von Montségur. Die päpstlichen Offiziere waren davon überzeugt, nur durch einen schnellen militärischen Sieg ans Ziel kommen zu können.

In der Nacht zum 1. März standen die Belagerer unmittelbar auf dem Gipfel. Vor ihnen türmte sich die Burg in den pechschwarzen Himmel. Man nahm die Festung aber nicht ein. Den Verteidigern wurde eine Frist von zwei Wochen eingeräumt. Freiwillig sollten sie ihren "sicheren Ort" aufgeben und ihrem Glauben abschwören. Andernfalls werde man sie öffentlich bei lebendigem Leibe verbrennen.

In der Nacht vom 15. März, nur wenige Stunden vor Ablauf der Frist, gelang es vier Katharern, sich von den hohen Zinnen der Burg abzuseilen. Irgendwie konnten sie sich durch den Ring von Belagerungstruppen schleichen. Retteten sie "nur" ihr Leben? Einer alten Überlieferung zufolge brachten sie den wertvollsten Besitz, den Schatz des Geheimordens aus der Burg in Sicherheit? Worum handelte es sich dabei? Wohin brachten sie es?

Entsprechend einer überlieferten Geschichte, welche damals in der einheimischen Bevölkerung in den Dörfern der Gegend erzählt wurde hiess es:

"Als Montségurs Mauern noch standen, hüteten in ihnen die Reinen den Heiligen Gral. Die Burg war in Gefahr, Heerscharen lagen vor ihren Mauern. Den Gral wollten sie haben..."